Flyvninger til og fra Storbritannien suspenderes fra og med tirsdag.
Det maltesiske sundhedsministerium havde ellers mandag meddelt at flyvningerne kunne forsætte mod karantæne for passagerer, der ankom fra landet.
Maltesiske statsborgere og beboere, der i øjeblikket er i Storbritannien, vil kunne flyve tilbage til Malta, men skal få foretaget en Covid-19 test ved ankomsten og skal derefter være 14 dage i karantæne.
Det maltesiske sundhedsministerium oplyser, at beslutningen er midlertidig, og at samtaler om en fælles EU-holdning til emnet fortsat er i gang.
Bekymringer for rejser fra Storbritannien er steget efter en smitsom ny variant af Covid-19, som den britiske regering har oplyst er ude af kontrol.
